Seuls les plus forts survivent. Ou, du moins, c'est ce que l’on croit. Côté biologie, it's more complicated! Et si tout n'était finalement qu'une histoire de coopération ?
La théorie de l'évolution de Charles Darwin est depuis quelques années bousculée par le concept d' « holobionte ». Et si nos gènes n'étaient pas les seuls responsables ? La « théorie hologénomique de l’évolution », présentée pour la première fois en 2008 par des scientifiques israéliens, explore une autre piste : « Chaque animal est un biome : un ensemble d'écosystèmes interactifs. Et ces microbes symbiotiques ne se contentent pas de voyager avec nous. Ils aident à construire notre corps, à réguler nos processus métaboliques et à renforcer nos capacités immunitaires. Cela a de nombreuses implications sur la façon dont nous envisageons la vie », explique Scott F. Gilbert, biologiste de l'évolution du développement dans le journal El Païs.
Et si l'homme était un méta organisme plutôt qu’une entité unique ?
L'holobionte est une entité formée par « différentes espèces qui deviennent une unité écologique ». Autrement dit, lorsqu'un animal ou une plante (un hôte) vit en symbiose avec les micro-organismes qu'il héberge (les symbiotes), c'est un holobionte. Tous les gènes d'un holobionte (appartenant à l'hôte ou aux microbes) constituent l' « hologénome ». Selon Seth Bordenstein, biologiste de l'évolution à l'université Vanderbilt, explique qu'avec l’apparition de l’hologénome, c’est toute notre conception de l’évolution qui demande à être révisée : « Nous acceptons le chromosome ou le génome comme structures. Le niveau supérieur est l'hologénome ».
Selon la théorie hologénomique, ce ne sont pas les gènes d’un seul organisme qui subissent la loi de la sélection naturelle mais ceux de toute une population d’êtres vivants. « Ce qui évolue de génération en génération, ce ne serait pas l’organisme, ni même le génome, ce serait l’hologénome, les génomes cumulés de toutes les espèces peuplant l’holobionte », explique le journaliste scientifique Jon Lambert dans le magazine Quanta.
« Le tout est plus que la somme de ses parties »
Un holobionte générerait donc de nouvelles caractéristiques morphologiques, physiologiques et immunologiques qui n'existeraient pas séparément dans les espèces. Selon Bordenstein, l'holobionte représente plus que la somme de l'hôte et des microbes. De leur interaction émerge une entité cohérente sur laquelle la sélection naturelle pourrait agir aux côtés d'autres unités de sélection, comme l'individu ou un gène.
Des découvertes qui amènent des scientifiques tels que Scott Gilbert à remettre en question l'existence même de « l'individu » tel que nous le comprenons généralement. Ce que nous considérons comme un « organisme » serait donc en réalité un « ensemble d'organismes ». « Chacun de nous fonctionne comme une communauté ou une équipe. Je suis l'équipe Scott Gilbert » , explique le scientifique.
L'exemple le plus connu est peut-être le microbiote intestinal : la communauté de micro-organismes qui nous permet de décomposer les aliments et qui est la clé de notre système immunitaire. « D'un point de vue anatomique, environ la moitié des cellules du corps humain sont microbiennes. De plus, chaque espèce de microbe ne nous est pas associée au hasard, mais se retrouve à des endroits précis. Nous recevons ces microbes lors de notre passage dans le canal de naissance. Ce sont des cadeaux d'adieu de notre mère. Ces microbes colonisent notre corps – en particulier nos intestins – et aident à déterminer notre développement », explique le Dr Gilbert.
La planète est un « écosystème holobionte »
Selon certains chercheurs la « théorie hologénomique de l’évolution » s'applique également à l'environnement. Les crises sanitaires, la perte de biodiversité et le changement climatique font partie des problèmes majeurs auxquels nous sommes confrontés. Et parmi les multiples conséquences figure la rupture des relations symbiotiques – comme la dégradation des sols qui prive les plantes de leurs champignons et bactéries symbiotes, l’augmentation de la température de la mer qui déséquilibre la vie sous-marine ou encore l'utilisation excessive de biocides (antibiotiques ou désinfectants) qui tuent les microbes qui ont fait partie de notre évolution.
Pour l'entomologiste Constanza Schapheer, penser en termes d' « écosystème holobionte » pourrait contribuer à la fois à la compréhension des phénomènes et aux solutions possibles. « Pour la conservation des espèces – plutôt que la conservation de l'individu – nous devrions nous concentrer sur la conservation des unités fonctionnelles. C'est-à-dire l'ensemble des êtres qui composent l'holobionte. De cette façon, les organismes et les processus écosystémiques seraient pris en considération, afin que la planète continue de fonctionner », explique l'entomologiste. Une vision partagée par Scott Gilbert qui souligne qu' « être un holobionte signifie que nous sommes des produits de notre environnement d'une manière que nous n'avions jamais imaginée auparavant. »
Une nouvelle conception de l’évolution ?
Alors qui est réellement responsable de l'adaptation : un changement dans l'expression génétique de l'organisme vivant ou un changement dans son microbiome ? La question de savoir si nous héritons de notre microbiome de la même manière que nous héritons de notre génome reste un point de discorde parmi les scientifiques. La réponse se trouve probablement à la croisée des chemins. Mais si certains biologistes appellent à une mise à jour radicale de la théorie de l'évolution de Darwin tandis que d'autres soutiennent que la théorie existante doit simplement être appliquée avec plus de soin, tous conviennent que les mondes micro et macro sont inévitablement interdépendants et que les biologistes doivent explorer la frontière de leurs interconnexions.
Je suis on ne peut plus du même avis! Les écosystèmes, d'il y a 2 millions d'années, indiquent un fonctionnement beaucoup plus harmonieux, avant qu'Homo Habilis ne commence à déstructurer tout cela en tuant les grands herbivores structurateurs de la complexité paysagère. Cette complexité est la clef de la biodiversité et Homo Habilis Sapiens Bellicus, ferait bien de s'en inspirer, plutôt qu'à tout vouloir uniformiser sous l'appât du lucre.