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Épidémiologue numérique : un métier en devenir

Le 12 janv. 2017

Marcel Salathé traque les virus sur les réseaux sociaux. Tweets, commentaires, ‘like’... sont autant d’indices pour la médecine du futur.

Vous en avez marre des amis Facebook qui passent leur temps à changer leur statut pour raconter les misères de santé de leurs bambins ? Ne soyez pas si injuste, ceux-là même font avancer la recherche. Que vous ayez un petit bobo ou de grands maux, il est désormais conseillé de le signifier sur la toile.

L’épidémiologie dite classique étudie les facteurs influant sur la santé et les maladies de la population, grâce aux données collectées auprès des médecins et des hôpitaux. Pour autant, avec l’avènement du numérique, il serait idiot de ne pas utiliser les quantités de données partagées chaque jour par les internautes. Si autrefois, il était d’usage d’aller se plaindre chez son médecin, aujourd’hui la plupart des malades n’hésitent pas à témoigner de leurs maux sur les forums et autres réseaux pour trouver eux-mêmes une solution. D’autres ont juste besoin de se plaindre, ou de raconter leur vie… Peu importe, au même titre que les autres, ils laissent des empreintes numériques et donnent des indices précieux à Marcel Salathé.

Ce diplômé de biologie est parti poursuivre ses études dans la Silicon Valley, et il a très vite fait le lien entre biologie et monde numérique. Aujourd’hui, il est épidémiologue numérique : afin de mettre en exergue les effets secondaires des médicaments, d’appréhender de nouvelles maladies ou des épidémies, il a décidé de mixer épidémiologie et Big Data. « Nous utilisons exclusivement des sources de données publiques telles que Twitter. En outre, nous essayons de construire nos propres sources de données afin d’être moins dépendants », précise-t-il.

Marcel Salathé a très vite fait le lien entre biologie et monde numérique

Ces quantités de data sont ensuite soumises à des algorithmes qui, par apprentissage, sont capables de définir si une donnée est pertinente ou non. Ainsi, Marcel Salathé sort du champ traditionnel des instituts médicaux et passe sa vie à traquer des data pour suivre l’évolution des maladies dans le monde. Selon lui, les ordinateurs pourraient très rapidement aider les gens à faire leurs propres diagnostics. Cela désengorgerait les cabinets. Cela sonnera-t-il le glas du corps médical ? Marcel Salathé n’y croit pas : « La technologie avance depuis des décennies et nous semblons ne jamais avoir autant eu de médecins. Je ne pense pas que ce modèle changera beaucoup dans un proche avenir. »

(Crédit photo: Nicolas Righetti)

En attendant, l’épidémiologue numérique a mis au point, en collaboration avec David Hughes de la Penn State University, une application sur smartphone pour combattre les maladies des plantes. Pour la première fois, 50 000 photos de maladies ont été diffusées en accès libre. L’objectif de cette initiative est de fournir aux développeurs du matériel brut pour créer des algorithmes d’apprentissage automatique (machine learning). Ces derniers seront intégrés à une application afin que les fermiers puissent prendre leurs plantations en photo et obtenir un diagnostic instantané, ainsi que des conseils quant au traitement à appliquer. Pour les deux scientifiques, ce travail est une suite logique de leur projet PlantVillage, l’une des plus grandes bibliothèques au monde en matière de connaissances scientifiques sur les maladies des plantes. « Notre objectif est de confier le gros du diagnostic au smartphone, afin que les experts humains puissent se focaliser sur les cas difficiles et inhabituels », déclare Marcel Salathé.

« Nous pensons que les avancées dans la technologie de reconnaissance d’image au cours des dernières années peuvent être utilisées dans de nombreux domaines liés à la santé. » En ce sens, il commence à travailler sur une application dédiée à la nutrition : elle détecterait à partir de la photo d’un repas son contenu nutritionnel et reposerait sur openfood.ch, une plate-forme en ligne qui propose au public des données sur plus de 14 000 aliments vendus en Suisse.
Cet article est paru dans le numéro 9 de la revue de L’ADN : Les nouveaux explorateurs. Commandez votre exemplaire ici.
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